Nacido de las llamas del infierno hace sesenta años durante la Segunda Guerra Mundial, Hellboy (Ron Perlman) fue enviado a la Tierra por el loco diabólico Grigori Rasputín (Karel Roden) para hacer el mal. Destinado a ser un presagio del Apocalipsis, Hellboy fue rescatado por las Fuerzas Aliadas lideradas por el profesor Broom (John Hurt), fundador del clandestino I.I.P.D. (Instituto para la Investigación Paranormal y de Defensa), que lo crió como un hijo y desarrolló sus extraordinarios poderes paranormales. A pesar de sus oscuros orígenes, Hellboy se convierte en un extraño héroe del bien, que lucha contra las fuerzas del mal que amenazan nuestro mundo. En el I.I.P.D., Hellboy pasa a formar parte de una extraña familia que incluye al telépata "MerMan" Abe Sapien (Doug Jones) y Liz Sherman (Selma Blair), que es pirokinética. Escondidos de la sociedad, están destinados a proteger; ellos son una línea de defensa clave contra Rasputín, que quiere a Hellboy en el lado oscuro con el fin de utilizar sus poderes para desencadenar el Armagedón.